VISI
Balai Uji Terap Teknik dan Metode Karantina Pertanian berkomitmen Menjadi Instansi yang Profesional, Tangguh dan Terpercaya dalam Perlindungan Kelestarian Sumberdaya Alam Hayati Hewan, Tumbuhan dan Keanekaragaman Hayati, Keamanan Pangan
MISI
Mendukung mewujudkan struktur ekonomi yang produktif, mandiri dan berdaya saing. Dalam kaitannya dengan tugas pokok dan fungsinya, maka dukungan Balai Uji Terap Teknik dan Metode Karantina Pertanian terhadap pencapaian misi tersebut, yaitu:
1. Melindungi kelestarian sumberdaya alam hayati hewan dan tumbuhan dari serangan Hama dan Penyakit Hewan Karantina (HPHK), dan Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina (OPTK),
2. Mendukung terwujudnya keamanan pangan
3. Memfasilitasi perdagangan dalam rangka mempertahankan dan meningkatkan akses pasar komoditas pertanian
4. Memperkuat kemitraan perkarantinaan
5. Meningkatkan citra dan kualitas layanan publik .